Desde finales de julio de 2018 los productos de Microsoft confían directamente en el certificado raíz de Let’s Encrypt, ISRG Root X1. Todos los principales sistemas operativos y navegadores, incluidos los de Microsoft, Google, Apple, Mozilla, Oracle y Blackberry, confían ahora en el certificado raíz de Let’s Encrypt.
Hasta ahora los certificados de Let’s Encrypt eran aceptados desde su primera emisión debido a una firma cruzada de otra autoridad de certificación, IdenTrust, ya que los navegadores y sistemas operativos no confiaban de forma directa en los certificados Let’s Encrypt, pero si en los de IdenTrust, y como IdenTrust confiaba en Let’s Encrypt, estos conseguían una confiabilidad indirecta.
Esta confianza directa sobre Let’s Encrypt se da en casi todas las versiones recientes de sistemas operativos, navegadores y dispositivos, pero todavía hay muchas versiones antiguas que no confían directamente en Let’s Encrypt. Algunos de esos sistemas se actualizarán para confiar en Let’s Encrypt directamente. Otros no lo harán, por lo que Let’s Encrypt va a esperar al menos cinco años más para seguir usando la firma cruzada.